在還沒有實施「房地合一所得稅」的年代，我們會把交易不動產的部分所得金額，列為「房屋交易所得」。許多人會把它和前幾年新上路的「房地合一所得稅」混淆，因為兩者名稱有點類似，以致於大家不知道該如何申報才是正確的。
為了釐清這個問題，我們可以用時間點來做劃分。
在2015年12月31日以前取得，且持有超過兩年的房屋，就是所謂的舊制房屋，它們屬於「財產交易所得稅」的課稅範圍。
在2016年1月1日以後取得的不動產，皆屬於新制的「房地合一所得稅」課稅範圍。
適用「財產交易所得稅」的舊制房屋，其特色是：
(1)房屋及土地採分離課稅。
(2)土地部分的所得會課徵土地增值稅，不納入「財產交易所得稅」的課稅範圍。
(3)所以只針對房屋部分的所得來課稅。
(4)不動產的賣方要在出售的隔年度，將「房屋交易所得」併入個人綜合所得來結算申報。
所以「財產交易所得稅」並不像「房地合一所得稅」，「房地合一所得稅」要在所有權移轉登記次日起算的30日內，向該管稽徵機關辦理申報，而且也不用併入個人的綜合所得總額。兩者在申報日期及方式都有很大的差異。
「房屋交易所得」的計算方式，有下列三種：
(1)依照「房屋評定現值」和「所得額標準率」來計算，
其計算式為：「房屋交易所得 」＝ 房屋評定現值 * 各縣市財產交易所得額標準率(各縣市比例不同)
使用此法計算的前提是，當房屋交易時，之前房屋購入的成本已經不可考，這時就以房屋評定現值來做為稅基。
例如：房子在多年前買入，已經不知道當初的買價，出售當年度的房屋評定現值是100萬，財產交易所得額標準率為10%。這時就依照房屋評定現值的100萬，乘上10%之後，所求出的10萬就是「房屋交易所得」。
(2) 依照實際成本來計算
計算式為：「房屋交易所得」 ＝ 以該不動產交易的總金額，減掉原始取得成本及相關必要費用之後，先求出整體的「房地交易所得」。接下來，再按出售時之「房屋評定現值」 占 「公告土地現值及房屋評定現值總額」之比例，區分出「房屋交易所得」。
在已知實際購屋成本的情形下，我們就不能只用評定現值乘上所得額標準率來申報所得了，否則有可能會讓稅捐單位主動來要求補稅… ， 正確的做法應是，我們要先算出「房地交易所得」。
例如：房子以1000萬賣出，當初是以600萬買入，相關必要費用為50萬，出售當年度的公告土地現值是300萬，房屋評定現值是100萬，財產交易所得額標準率為10%。
所以「房地交易所得」 ＝ 1000萬 – 600萬 – 50萬 = 350萬；
接下來再區分出「房屋交易所得 」的部分 = 350萬 x (100萬 / (300萬+100萬)) = 350萬 x 25% = 87.5萬。最後用87.5萬納入個人綜所稅申報。
(3)出售「高總價房屋」時，納稅義務人僅提供交易時之實際成交金額，而無法證明原始取得成本時
上述所謂的「高總價房屋」，在台北市為七千萬以上，新北市為六千萬以上，其他縣市則為四千萬以上的不動產。財政部規定這些「高總價房屋」的出售人，在即便未能舉證取得成本的前提下，仍須以房地出售的實價，乘上出售時之「房屋評定現值」 占「 公告土地現值及房屋評定現值總額」之比例，區分出「房屋」部分的交易價格，再依照15%的稅率去計算「房屋交易所得」，並按5%~40%的所得稅率繳納個人綜所稅。
例如：房子以1億賣出，納稅義務人未舉證買進成本，出售當年度的公告土地現值是3,000萬，房屋評定現值是1,000萬。我們要先計算出房屋部分的交易價格 ＝ 1億 x (1,000萬 / (3,000萬 + 1,000萬)) = 1億 x 25% = 2,500萬；接下來再依照15%計算「房屋交易所得」 = 2,500萬 x 15% = 375萬。最後將375萬納入個人綜所稅申報。
